เดินทางมาเป็นภาคที่สามแล้ว สำหรับสหายอัลวินและเพื่อนๆของเขา ที่ครั้งนี้จะเดินทางออกจากเมืองใหญ่ โดยสารด้วยเรือลำยักษ์ พร้อมคลออินโทรเพลง MY HEART WILL GO ON ตามตัวอย่างที่ตั้งใจ สุดฤทธิ์ แต่ทว่าเมื่อ ชิพมังค์ และ ชิพเพ็ทส์ จะต้องมาพบกับเหตุการณ์เรือแตกร่วมกัน ซึ่งก็ทำให้พวกเขาต้องไปติดอยู่บนหมู่เกาะซิลลีย์อันแสนห่างไกลและลึกลับ และระหว่างทางที่พวกเขาหาทางเพื่อจะกลับบ้าน พวกเขาก็ได้พบความลับบนเกาะนั้นว่า มันไม่ใช่เกาะที่เงียบเหงาอย่างที่พวกเขาคิด